Korpilahden jätehuolto muuttui suuresti kunnan liittyessä osaksi Jyväskylää. Ennen kuntaliitosta jätehuolto toimi niin, että yksityiset kuljetusurakoitsijat veloittivat asiakkailta jäteasemoiden tyhjennysmaksut sekä tilittivät kunnalle hyötykäyttö- ja ongelmajätemaksuja.
Kuntaliitokset myötä Korpilahden alueella siirryttiin keräämään väliaikaista ekomaksua. Maksulla on tarkoitus kattaa kustannuksia, joita syntyy alueen ohyöty- ja ongelmajätekeräyksistä. Tämä väliaikainen maksu oli vuonna 2009 omakotitalojen osalta 20 euroa vuodessa, rivi- ja kerrostaloissa 60 euroa vuodessa ja vapaa-ajan asunnoissa 10 euroa vuodessa. Väliaikainen maksu on voimassa, kunnes kaupunki saa kilpailutettua alueen jätehuollon.
Korpilahdella on tällä hetkellä 21 hyötyjätekeräyspistettä. Näille jäteasemille voi jättää esimerkiksi keräyslasia, metallia, paperia ja kartonkia. Ongelmajätteiden kierrättämistä varten on olemassa kaksi keräyspistettä, Putkilahdella ja huoltoasemalla.